Medicinsk bakgrund
Analysen DNA APOE genotyp utförs vid misstanke om Alzheimers sjukdom.
Alzheimers sjukdom är den vanligast förekommande demenssjukdomen och förväntas drabba ca 4-10% av befolkningen över 65 år [1,2]. Sjukdomen är vanligare hos kvinnor än hos män.
I ca 20% av fallen kan Alzheimers härledas till en genetisk polymorfism i APOE-genen [1,3]. Apolipoprotein E (ApoE) är ett glykoprotein som produceras framförallt i levern och CNS [4-6]. ApoE finns på ytan hos lipoproteinpartiklar (VLDL, HDL, chylomikroner) och har betydelse för transport av blodfetter och upptag av dessa via LDL- och LRP-receptorer. Ett dysfunktionellt APOE leder till ökade plasmanivåer av kolesterol och triglycerider.
Det finns i huvudsak två olika polymorfier, eller sekvensvariationer, beskrivna för APOE-genen; den första vid aminosyraposition 112 och den andra vid aminosyraposition 158.
På DNA-nivå anges positionerna som rs429358 respektive rs7412 (rs = reference SNP ID number).
Detta ger upphov till tre naturligt förekommande olika allelvarianter:
- ApoE3
Den vanligast förekommande allelen, normalallel. ApoE-proteinet har aminosyran cystein i position 112 och arginin i position 158.
- ApoE4
Aminosyran cystein (C) är utbytt mot arginin (R) i position 112 i ApoE-proteinet (p.C112R)
- ApoE2
Aminosyran arginin (R) är utbytt mot cystein (C) i position 158 i ApoE-proteinet (p.R158C)
E4-allelen medför en förhöjd risk att utveckla Alzheimers sjukdom, ca 3-4 gånger högre risk för heterozygota anlagsbärare och upp till ca 10 gånger högre risk för homozygota anlagsbärare [1,4]. E4-allelen är också associerad med förhöjda kolesterolvärden och ökad risk för hjärt och kärlsjukdom [7].
E2-allelen medför inte någon ökad risk att utveckla Alzheimers sjukdom.
Homozygoti för E2-allelen har en koppling till hyperlipoproteinemi typ III. Patienter med hyperlipoproteinemi typ III har i regel homozygot anlag för E2-allelen, men de allra flesta personer med denna genotyp (E2/E2) utvecklar aldrig hyperlipoproteinemi. Förekomst av E2 räcker alltså inte utan det behövs ytterligare metabolisk belastning, tex fetma eller diabetes, för att utveckla sjukdom [6].
Metod
DNA från leukocyter i helblod extraheras. Sekvensvariationerna i APOE-genen bestäms med realtids-PCR följt av smältpunktsanalys med sekvensspecifika hybridiseringsprober.
Referenser
[1] Genetisk testning av riskalleler för vanliga sjukdomar.
Graff C. och Nordenskjöld M. Läkartidningen nr 11 2008 volym 105.
[2] Ward A. et al. Prevalence of Apolipoprotein E4 Genotype and Homozygotes (APOE e4/4) among Patients Diagnosed with Alzheimer’s Disease: A Systematic Review and Meta-Analysis.
Neuroepidemiology 2012;38:1–17.
[3] OMIM entry: https://www.omim.org/entry/107741
[4] Holtzman DM. et al. Apolipoprotein E and Apolipoprotein E Receptors: Normal Biology and Roles in Alzheimer Disease.
Cold Spring Harb Perspect Med 2012;2:a006312
[5] Frisardi V. Apolipoprotein E Genotype: The Innocent Bystander or Active Bridge Between
Metabolic Syndrome and Cognitive Impairment?
Journal of Alzheimer’s Disease 30 (2012) S283–S304.
[6] Hauser PS. et al. Apolipoprotein E: from lipid transport to neurobiology.
Prog Lipid Res. 2011 January; 50(1): 62–74.
[7] Davignon J et al. Apolipoprotein E polymorphism and atherosclerosis.
Arteriosclerosis. 1988;8(1):1–21.